Такое решение принято на прошедшей 16 – 17 октября 2008 года в Москве тридцать четвертой сессии Парламентского Собрания. Доходная и расходная части бюджета составят 4 872 000,0 тыс. российских рублей, что на 20% превышает параметры 2008 года.

Доходы бюджета формируются за счет согласованных отчислений государств-участников, в том числе Российской Федерации в сумме 3 167 000,0 тыс. российских рублей, Республики Беларусь – в сумме 1 705 000 тыс. российских рублей.

Расходная часть проекта бюджета Союзного государства на 2009 год включает в себя финансирование 42 программ, подпрограмм и мероприятий.

В проекте бюджета на 2009 год предусмотрены следующие направления бюджетных расходов:

- промышленность, энергетика, строительство, транспорт, связь и информатика – 29 %;

- военно-техническое сотрудничество, правоохранительная деятельность и обеспечение безопасности Союзного государства – 35 %;

- ликвидация чрезвычайных ситуаций и охрана окружающей среды – 5,9 %;

- социальная политика, здравоохранение и физическая культура, образование, культура, СМИ – 12 % и другие.

В проекте бюджета Союзного государства на 2009 год по виду расходов «Прочие расходы, не отнесенные к другим видам расходам» предусмотрена возможность финансировать новые программы, подпрограммы, проекты и мероприятия Союзного государства, которые будут утверждены в установленном порядке в 2009 году, в том числе три новых программы, одобренные Советом Министров Союзного государства. Это программы «Разработка и освоение серий интегральных микросхем и полупроводниковых приборов для аппаратуры специального назначения и двойного применения»; «Разработка технологий и организация опытного производства высокоэффективных и биологически безопасных лекарственных средств нового поколения и биологически полноценного детского питания на основе лактоферрина человека, получаемого из молока трансгенных животных» и «Разработка нанотехнологий создания материалов, устройств и систем космической техники и их адаптация к другим отраслям техники и массовому производству».