В новой редакции Порядка исключен этап разработки и одобрения Советом Министров Союзного государства концепции программы Союзного государства. Началом работы над проектом программы является формирование совместного предложения по ее разработке заинтересованными министерствами и ведомствами двух сторон. Последующее одобрение согласованного в установленном порядке совместного предложения правительствами Российской Федерации и Республики Беларусь (в форме поручения) станет основанием для разработки программы Союзного государства.

В целях эффективного использования результатов программ Союзного государства функции государственного заказчика – координатора дополнены требованиями о разработке плана мероприятий по обеспечению внедрения (коммерциализации) результатов реализации программы (включая результаты интеллектуальной деятельности), мониторингу его выполнения и информированию Совета Министров Союзного государства.

Внесенные изменения призваны способствовать повышению эффективности программ Союзного государства, «дебюрократизации»
и ускорению процесса их разработки и утверждения.